L-Aġenzija hija mmexxija minn Direttur Eżekuttiv li d-dmirijiet u s-setgħat tiegħu huma definiti fl-Artikolu 15 tar-Regolament (KE) Nru 1406/2002. Id-Direttur Eżekuttiv huwa appoġġat minn erba’ dipartimenti u unità tal-Uffiċċju Eżekuttiv.

Attwalment, l-Aġenzija għandha 11-il Unità li minnhom, 10 jaqgħu taħt dawn l-4 Dipartimenti:

Dipartiment 1: Sostenibbiltà u Assistenza Teknika

(Sostenibbiltà; Żjarat & Spezzjonijiet, Element Uman; Bini tal-Kapaċità)

Dipartiment 2: Sikurezza, Sigurtà, u Sorveljanza

(Sikurezza u Sigurtà; Sorveljanza)

Dipartiment 3: Servizzi Diġitali

(Servizzi Integrati tat-Traffiku Marittimu; Soluzzjonijiet Diġitali Marittimi; Servizzi Diġitali Orizzontali)

Dipartiment 4: Servizzi Korporattivi

(Riżorsi Umani; Legali, Finanzi u Faċilitajiet)