В член 1 от Регламента за създаване на ЕМСА е посочено, че целта на Агенцията е да се осигури високо,  уеднаквено и ефективно равнище на морска безопасност, морска сигурност, предотвратяване и реагиране на замърсяване, причинено от кораби, както и ефективно реагиране на замърсяване на моретата, причинено от инсталации за нефт и природен газ. Агенцията също така цели  да допринася за цялостната ефективност на  морския транспорт, за да се улесни създаването на европейско пространство за морски транспорт без бариери.

Мисия

Мисията на ЕМСА е да служи на морските интереси на ЕС за безопасен, сигурен, екологичен и конкурентен морски сектор. Агенцията се е утвърдила като надежден и уважаван партньор в морския сектор в Европа и на глобално равнище.

ЕМСА използва уникалните си умения, за да заеме своето място като основен фактор в морския отрасъл в Европа и извън нея.

ЕМСА работи по въпроси на морската сигурност, безопасността, климата, околната среда и единния пазар на първо място като доставчик на услуги за държавите - членки и Европейската комисия, но също така и като иновативен и надежден партньор - научен център за морския отрасъл в ЕС, както и като авторитет на международно равнище.

Визия

Визията на ЕМСА е да бъде водещ център за безопасен и устойчив морски сектор на ЕС.

Ценности

Качество, надеждност, ефикасност, ефективност, прозрачност, гъвкавост, интелигентност и равнопоставеност между мъжете и жените като служители в морския транспорт.