Агенцията се управлява от изпълнителен директор, чиито задължения и правомощия са определени в член 15 от Регламент (ЕО) № 1406/2002. Изпълнителният директор се подпомага от четири отдела и кабинет.

Понастоящем Агенцията разполага с 11 звена, 10 от които са включени в тези 4 отдела:

Отдел 1: Устойчивост и техническа помощ
(Дейности: посещения и проверки, човешки фактор; изграждане на капацитет)

Отдел 2: Безопасност, сигурност и наблюдение
(Дейности: Безопасност и сигурност; наблюдение)

Отдел 3: цифрови услуги
(Интегрирани услуги за морски трафик; Морски цифрови решения; Хоризонтални цифрови услуги)

Отдел 4: Административни услуги
(Дейности: Човешки ресурси, юридически въпроси, финанси и логистика)