A Agência é gerida por um Diretor Executivo cujas funções e competências são definidas no artigo 15.º do Regulamento (CE) n.º 1406/2002. O Diretor Executivo é apoiado por quatro departamentos e por uma unidade do Gabinete Executivo.

Atualmente, a Agência conta com 11 unidades, 10 das quais se inserem nestes 4 departamentos:

Departamento 1: Sustentabilidade e assistência técnica

(Sustentabilidade; Visitas e inspeções, elemento humano; Capacitação

Departamento 2: Segurança, proteção e vigilância

(Safety & security; Surveillance)

Department 3: Digital Services

(Serviços Integrados de Tráfego Marítimo; Soluções Marítimas Digitais; Serviços Digitais Horizontais)

Departamento 3: Serviços digitais e simplificação

(Serviços marítimos digitais; Infraestruturas digitais; Simplificação)