O conceito de uma Agência Europeia de Segurança Marítima (EMSA) como agência reguladora teve origem no final dos anos 90, juntamente com uma série de outras grandes iniciativas europeias de segurança marítima. A EMSA foi criada pelo Regulamento (CE) n.º 1406/2002 como uma importante fonte de apoio à Comissão e aos Estados-Membros no domínio da segurança marítima e da prevenção da poluição causada por navios, e as alterações subsequentes aperfeiçoaram e alargaram o seu mandato.