Agencijom upravlja izvršni direktor, čije su dužnosti i ovlasti utvrđene u članku 15. Uredbe (EZ) br. 1406/2002. Podršku izvršnom direktoru pružaju četiri odjela i Izvršni ured.

U okviru Agencije trenutačno djeluje 11 jedinica, od kojih je deset raspoređeno u sljedeća četiri odjela:

Odjel 1.: Održivost i tehnička pomoć
(Održivost; Posjeti i inspekcijski pregledi, ljudski čimbenik; Izgradnja kapaciteta)

Odjel 2.: Sigurnost, zaštita i nadzor
(Sigurnost i zaštita; Nadzor)

Odjel 3.: Digitalne usluge
(Integrirane usluge pomorskog prometa; Pomorska digitalna rješenja; Horizontalne digitalne usluge)

Odjel 4.: Korporativne usluge
(Ljudski resursi; Pravni poslovi, financije i objekti)