Upravni odbor nadgleda rad Agencije i izvršnog direktora. Konkretno, Upravni odbor donosi jedinstveni programski dokument Agencije za razdoblje od tri godine te, u skladu sa svojom nadležnosti u okviru proračunskog postupka, donosi proračun i plan radnih mjesta. Upravni odbor donosi i ocjenjuje i konsolidirano godišnje izvješće o radu Agencije, kako se zahtijeva u Financijskoj uredbi, u pogledu ostvarenja ciljeva i rezultata povezanih s načelima troškovne učinkovitosti, djelotvornosti i dobrog financijskog upravljanja.

Upravni odbor čine predstavnici svih država članica EU-a, Islanda i Norveške (zemlje članice EFTA-e u svojstvu promatrača) i četiri predstavnika Komisije te četiri predstavnika različitih sektora pomorske djelatnosti koji nemaju pravo glasa.