Agencją kieruje dyrektor zarządzający, którego obowiązki i uprawnienia zostały określone w art. 15 rozporządzenia (WE) nr 1406/2002. Działalność dyrektora zarządzającego wspierają cztery departamenty oraz Biuro wykonawczedyrektora.

Obecnie w skład Agencji wchodzi jedenaście działów, z których dziesięć podlega wspomnianym czterem departamentom:

Departament 1: Zrównoważony rozwój i pomoc techniczna
(Zrównoważony rozwój; wizyty i inspekcje, czynnik ludzki; budowanie potencjału)

Departament 2: Bezpieczeństwo, ochrona i nadzór
(Bezpieczeństwo, ochrona i nadzór)

Departament 3: Usługi cyfrowe
Zintegrowane usługi ruchu morskiego; Morskie rozwiązania cyfrowe; Horyzontalne usługi cyfrowe)

Departament 4: Obsługa administracyjna
(Zasoby ludzkie; dział prawny, finansowy i zaplecze)