Rada administracyjna sprawuje nadzór nad pracami podejmowanymi przez Agencję i dyrektora zarządzającego. W szczególności przyjmuje ona jednolity dokument programowy Agencji, obejmujący okres trzech lat, a do jej kompetencji należy – w ramach procedury budżetowej – przyjęcie budżetu i planu zatrudnienia. Rada administracyjna ponadto zatwierdza i poddaje ocenie skonsolidowane roczne sprawozdanie z działalności Agencji, zgodnie z wymogami rozporządzenia finansowego w sprawie osiągania celów i wyników w zakresie zasad opłacalności, wydajności i należytego zarządzania finansami.

W Radzie administracyjnej zasiadają przedstawiciele wszystkich państw członkowskich UE, Islandii i Norwegii (kraje EFTA jako obserwatorzy) oraz czterech przedstawicieli Komisji, a także czterech przedstawicieli różnych sektorów przemysłu morskiego bez prawa głosu.