Styrelsen övervakar byråns och den verkställande direktörens arbete. Den antar till exempel byråns samlade programdokument för tre år i taget och antar inom ramen för sina befogenheter inom budgetförfarandet även budgeten och tjänsteförteckningen. Styrelsen antar och bedömer i enlighet med budgetförordningen även byråns konsoliderade årliga verksamhetsrapport när det gäller uppnåendet av mål och resultat utifrån principerna om kostnadseffektivitet, ändamålsenlighet och sund ekonomisk förvaltning.

Styrelsen består av företrädare för samtliga EU-medlemsstater, Island och Norge (Efta-länder som observatörer) och fyra företrädare för kommissionen, samt fyra företrädare för olika sjöfartssektorer utan rösträtt.