Idén om en europeisk sjösäkerhetsbyrå som ett tillsynsorgan väcktes i slutet av 1990-talet samtidigt med ett antal andra stora europeiska sjösäkerhetsinitiativ. Emsa inrättades genom förordning (EG) nr 1406/2002 som ett viktigt stöd för kommissionen och medlemsstaterna inom sjösäkerhet och förebyggande av föroreningar från fartyg. Sedan dess har byråns uppdrag förfinats och utökats genom senare ändringar.