L’Agenzia è diretta dalla direttrice esecutiva, le cui funzioni e i cui poteri sono definiti all’articolo 15 del regolamento (CE) n. 1406/2002. La direttrice esecutiva è coadiuvata da quattro dipartimenti e da un’unità Ufficio esecutivo.
Attualmente l’Agenzia conta 11 unità, di cui 10 rientrano in questi 4 dipartimenti.

Dipartimento 1: Sostenibilità e assistenza tecnica
(Sostenibilità; Visite e ispezioni, elemento umano; Creazione svilupo di capacità)

Dipartimento 2: Sicurezza relativa alle operazioni nave
(safety), e sicurezza marittima relativa a minacce terroristiche (security), Sicurezza, protezione e sorveglianza(Sicurezza e protezioneSafety e Security; Sorveglianza)

Dipartimento 3: Servizi digitali
(Servizi Integrati del Traffico Marittimo; Soluzioni Digitali Marittime; Servizi Digitali Orizzontali)

Dipartimento 4: Servizi aziendali
(Risorse umane; Affari legali, finanziari e gestione delle strutture)