Agenturu řídí výkonný ředitel, jehož povinnosti a pravomoci jsou vymezeny v článku 15 nařízení (ES) č. 1406/2002. Výkonnému řediteli jsou nápomocny čtyři odbory a oddělení kanceláře výkonného ředitele.

V současnosti má agentura 11 oddělení, z nichž 10 spadá pod tyto 4 odbory:

Odbor 1: Udržitelnost a technická pomoc

(Udržitelnost; Návštěvy a inspekce; Lidský prvek; Budování kapacit)

Odbor 2: Bezpečnost, ochrana a dozor

(Bezpečnost a ochrana; Dozor)

Odbor 3: Digitální služby

(Integrované služby námořní dopravy; Námořní digitální řešení; Horizontální digitální služby)

Odbor 4: Podpůrné služby agentury

(Lidské zdroje; Právní služby, finance a správa zařízení)