Návrh založit Evropskou agenturu pro námořní bezpečnost (EMSA) jakožto regulační agenturu vznikl na konci 90. let 20. století spolu s řadou dalších významných evropských iniciativ v oblasti námořní bezpečnosti. Agentura EMSA byla zřízena nařízením (ES) č. 1406/2002 jako významný zdroj podpory pro Komisi a členské státy v oblasti námořní bezpečnosti a zabránění znečištění z lodí, přičemž její mandát byl upraven a rozšířen následnými změnami.