L’Agence est gérée par un directeur exécutif dont les fonctions et les pouvoirs sont définis à l’article 15 du règlement (CE) nº 1406/2002. Le directeur exécutif est assisté par quatre services et un bureau exécutif.

Actuellement, l’Agence dispose de 11 unités, dont 10 relèvent de 4 départements:

Département 1: Durabilité et assistance technique
(Durabilité; Visites et inspections, Élément humain; Renforcement des capacités)

Département 2: Sûreté, sécurité et surveillance
(Sûreté et sécurité; Surveillance)

Département 3: Services numériques
Services intégrés du trafic maritime ; Solutions numériques maritimes ; Services numériques horizontaux)

Département 4: Corporate Services
(Ressources humaines; Service juridique, finances et installations)