Le conseil d’administration supervise les travaux entrepris par l’Agence et le directeur exécutif. En particulier, le conseil d’administration adopte le document unique de programmation de l’Agence couvrant une période de trois ans et, dans les limites de sa compétence, le budget et le tableau des effectifs, dans le cadre de la procédure budgétaire. De plus, le conseil d’administration adopte et évalue le rapport d’activité annuel consolidé de l’Agence, comme le prévoit le règlement financier, qui détaille les résultats obtenus par l’agence au regard des principes de rentabilité, d’efficacité et de bonne gestion financière.

Le conseil d’administration comprend des représentants de tous les États membres de l’UE, de l’Islande et de la Norvège (pays de l’AELE, sans droit de vote), quatre représentants de la Commission européenne, ainsi que quatre représentants de différents secteurs de l’industrie maritime, sans droit de vote.