Agenția este condusă de un director executiv ale cărui atribuții și competențe sunt definite la articolul 15 din Regulamentul (CE) nr. 1406/2002. Directorul executiv este sprijinit de patru departamente și de unitatea Birou executiv.

În prezent, agenția are 11 unități, dintre care 10 aparțin acestor 4 departamente:

Departamentul 1: Sustenabilitate și asistență tehnică

(Sustenabilitate; Vizite și inspecții, factorul uman; Consolidarea capacităților)

Departamentul 2: Siguranță, securitate și monitorizare

(Siguranță și securitate; Monitorizare)

Departamentul 3: Servicii digitale

(Servicii integrate de trafic maritim; Soluții digitale maritime; Servicii digitale orizontale)

Departamentul 4: Servicii  administrative

(Resurse umane; Servicii juridice, finanțe și infrastructură)