Conceptul de Agenție Europeană pentru Siguranță Maritimă (EMSA) ca agenție de reglementare a luat naștere la sfârșitul anilor 1990, în paralel cu o serie de alte inițiative europene majore din domeniul siguranței maritime. EMSA a fost înființată prin Regulamentul (CE) nr. 1406/2002 ca sursă importantă de sprijin pentru Comisie și statele membre în domeniul siguranței maritime și al prevenirii poluării provenite de la nave, iar modificările ulterioare i-au îmbunătățit și lărgit mandatul.