Das Konzept für die Errichtung einer Europäischen Agentur für die Sicherheit des Seeverkehrs (EMSA) als Regulierungsagentur entstand Ende der 1990er-Jahre zusammen mit einer Reihe weiterer wichtiger Initiativen im Bereich der Seeverkehrssicherheit. Die EMSA wurde mit der Verordnung (EG) Nr. 1406/2002 als wichtige Quelle der Unterstützung für die Europäische Kommission und die Mitgliedstaaten im Bereich der Sicherheit im Seeverkehr und der Verhütung von Verschmutzungen durch Schiffe errichtet. Durch nachfolgende Änderungen wurde ihr Auftrag präzisiert und erweitert.