Die Agentur wird von einer Exekutivdirektorin geleitet, deren Aufgaben und Befugnisse in Artikel 15 der Verordnung (EG) Nr. 1406/2002 festgelegt sind. Die Exekutivdirektorin wird von vier Abteilungen und einem Direktionsbüro unterstützt.
Derzeit verfügt die Agentur über 11 Referate, von denen 10 den folgenden 4 Abteilungen zugeordnet sind:

Abteilung 1: Nachhaltigkeit und technische Hilfe
(Nachhaltigkeit; Besuche und Inspektionen, menschliches Element; Kapazitätsaufbau)

Abteilung 2: Sicherheit, Gefahrenabwehr und Überwachung
(Sicherheit und Gefahrenabwehr; Überwachung)

Abteilung 3: Digitale Dienste
(Integrierte Seeverkehrsdienste; Maritime digitale Lösungen; Horizontale digitale Dienste)

Abteilung 4: Unternehmensdienstleistungen
(Humanressourcen; Recht, Finanzen und Einrichtungen)