Agencijo vodi izvršna direktorica, njene dolžnosti in pooblastila pa so opredeljeni v členu 15 Uredbe (ES) št. 1406/2002. Izvršno direktorico pri delu podpirajo štirje oddelki in izvršni urad.

Agencija ima trenutno 11 enot, od katerih jih deset spada pod naslednje štiri oddelke:

Oddelek 1: Trajnost in tehnična pomoč

(Trajnost; Obiski in inšpekcijski pregledi, človeški dejavniki; Krepitev zmogljivosti)

Oddelek 2: Varnost, zaščita in nadzor

(Varnost in zaščita; Nadzor)

Oddelek 3: Digitalne storitve

(Integrirane storitve pomorskega prometa; Pomorske digitalne rešitve; Horizontalne digitalne storitve)

Oddelek 4: Skupne službe

(Kadrovske zadeve; Pravne in finančne zadeve ter infrastruktura)