Ajatus Euroopan meriturvallisuusvirastosta sääntelyvirastona on peräisin 1990-luvun lopulta kuten myös monet muut tärkeät Euroopan meriturvallisuusaloitteet. EMSA perustettiin asetuksella (EY) N:o 1406/2002 tärkeäksi tuen lähteeksi komissiolle ja jäsenvaltioille meriturvallisuuden ja alusten aiheuttaman pilaantumisen alalla. Myöhemmin sen toimeksiantoa on täsmennetty ja laajennettu.