Hallintoneuvosto valvoo viraston ja pääjohtajan tekemää työtä. Erityisesti hallintoneuvosto hyväksyy kolmen vuoden jaksoa koskevan viraston yhtenäisen ohjelma-asiakirjan. Se myös hyväksyy talousarvion ja henkilöstötaulukon talousarviomenettelyyn liittyvän toimivaltansa nojalla. Hallintoneuvosto myös hyväksyy ja arvioi varainhoitoasetuksessa edellytetyn viraston konsolidoidun vuotuisen toimintakertomuksen tavoitteiden saavuttamisesta ja suorituskyvystä kustannustehokkuuden, tehokkuuden ja moitteettoman varainhoidon periaatteiden osalta.

Hallintoneuvostossa on edustajat kaikista EU:n jäsenvaltioista, Islannista ja Norjasta (EFTA-maat tarkkailijoina) ja neljä edustajaa komissiosta sekä merialan eri sektoreilta neljä edustajaa, joilla ei ole äänioikeutta.