Az Európai Tengerészeti Biztonsági Ügynökség (EMSA) mint szabályozó szerv koncepciója az 1990-es évek végére nyúlik vissza, számos egyéb jelentős európai tengerbiztonsági kezdeményezéssel együtt. Az EMSA az 1406/2002/EK rendelettel jött létre a Bizottság és a tagállamok támogatásának jelentős eszközeként a tengerbiztonság és a hajók okozta szennyezés megelőzése területén, a rendelet későbbi módosításai pedig pontosították és bővítették megbízatását.