Az ügynökséget az ügyvezető igazgató irányítja, akinek feladatait és hatásköreit az 1406/2002/EK rendelet 15. cikke állapítja meg. Az ügyvezető igazgatót munkájában négy főosztály és az ügyvezető igazgató hivatala segíti.
Az ügynökség jelenleg 11 egységgel működik, amelyek közül 10 az alábbi négy főosztály alá tartozik:

1. főosztály: Fenntarthatóság és technikai támogatás
(Fenntarthatóság; Látogatások és helyszíni szemlék, Emberi tényezők; Kapacitásépítés)

2. főosztály: Biztonság, védelem és felügyelet
(Biztonság és védelem; Felügyelet)

3. főosztály: Digitális szolgáltatások
(Integrált tengeri forgalmi szolgáltatások; tengeri digitális megoldások; horizontális digitális szolgáltatások)

4. főosztály: Vállalati szolgáltatások
(Emberi erőforrások; Jogi ügyek, Pénzügyek és létesítmények)