Administratīvā padome uzrauga aģentūras un izpilddirektores darbu. Konkrētāk, Administratīvā padome pieņem aģentūras vienoto programmdokumentu, kas aptver trīs gadu periodu, kā arī budžetu un štatu sarakstu savas kompetences ietvaros saistībā ar budžeta procedūru. Administratīvā padome pieņem un izvērtē arī aģentūras konsolidēto gada darbības pārskatu, kā to paredz Finanšu regula, par mērķu sasniegšanu un darbības rezultātiem saistībā ar izmaksu lietderības, efektivitātes un pareizas finanšu pārvaldības principiem.

Administratīvajā padomē darbojas visu ES dalībvalstu, Islandes un Norvēģijas (EBTA valstis novērotāju statusā) pārstāvji un četri Komisijas pārstāvji, kā arī četri pārstāvji bez balsstiesībām no dažādiem jūrniecības nozares sektoriem.