Η ιδέα του Ευρωπαϊκού Οργανισμού για την Ασφάλεια στη Θάλασσα (EMSA) ως ρυθμιστικού οργανισμού ξεκίνησε στα τέλη της δεκαετίας του 1990 μαζί με ορισμένες άλλες σημαντικές ευρωπαϊκές πρωτοβουλίες για την ασφάλεια στη θάλασσα. Ο EMSA ιδρύθηκε με τον κανονισμό (ΕΚ) αριθ. 1406/2002 ως σημαντική πηγή στήριξης της Επιτροπής και των κρατών μελών στον τομέα της ασφάλειας στη θάλασσα και της πρόληψης της ρύπανσης από τα πλοία, και οι επακόλουθες τροποποιήσεις βελτίωσαν και διεύρυναν την εντολή του.