Agentúru riadi výkonný riaditeľ, ktorého povinnosti a právomoci sú vymedzené v článku 15 nariadenia (ES) č. 1406/2002. Výkonného riaditeľa podporujú štyri pracoviská a úrad výkonného riaditeľa.

V súčasnosti má agentúra 11 oddelení, z toho 10 patrí pod tieto 4 pracoviská:

Pracovisko 1: Udržateľnosť a technická pomoc
(Udržateľnosť; Návštevy a inšpekcie, ľudský faktor; Budovanie kapacít)

Pracovisko 2: Bezpečnosť, ochrana a dohľad
(Bezpečnosť a ochrana; Dohľad)

Pracovisko 3: Digitálne služby
(Integrované služby námornej dopravy; Námorné digitálne riešenia; Horizontálne digitálne služby)

Pracovisko 4: Služby organizácie
(Ľudské zdroje; Právne služby, financie a zariadenia)