Myšlienka zriadenia Európskej námornej bezpečnostnej agentúry (EMSA) ako regulačnej agentúry vznikla na konci 90. rokov 20. storočia spolu s niekoľkými ďalšími zásadnými iniciatívami v oblasti európskej námornej bezpečnosti. Agentúra EMSA bola zriadená nariadením (ES) č. 1406/2002 ako významný zdroj podpory Komisie a členských štátov v oblasti námornej bezpečnosti a predchádzania znečisteniu z lodí, pričom jej mandát bol následnými zmenami spresnený a rozšírený.