Ideen om et europæiske agentur for søfartssikkerhed (EMSA) som et kontrolorgan har sin oprindelse sidst i 1990'erne i lighed med en række andre vigtige europæiske initiativer inden for søfartssikkerhed. EMSA blev oprettet ved forordning (EF) nr. 1406/2002 som en vigtig støtte for Kommissionen og medlemsstaterne inden for søfartssikkerhed og forebyggelse af forurening fra skibe, og dets mandat er blevet udvidet ved efterfølgende ændringer.