Het idee van een Europees Agentschap voor maritieme veiligheid (EMSA) als regelgevend orgaan ontstond aan het einde van de jaren 1990, tegelijkertijd met een aantal andere belangrijke initiatieven op het gebied van de Europese maritieme veiligheid. Het EMSA werd opgericht bij Verordening (EG) nr. 1406/2002 als belangrijke bron van steun voor de Commissie en de lidstaten op het gebied van maritieme veiligheid en het voorkomen van verontreiniging door schepen. Latere wijzigingen hebben het mandaat van het Agentschap verfijnd en vergroot.