La gestión de la Agencia corre a cargo de una directora ejecutiva cuyas funciones y competencias se definen en el artículo 15 del Reglamento (CE) n.º 1406/2002. La directora ejecutiva cuenta con el apoyo de cuatro departamentos y de la unidad de la Oficina Ejecutiva.

En la actualidad, la Agencia cuenta con once unidades, diez de ellas repartidas entre los siguientes cuatro departamentos:

Departamento 1: Sostenibilidad y Asistencia Técnica

(Sostenibilidad; Visitas e Inspecciones; Factor Humano; Capacitación)

Departamento 2: Seguridad, Protección y Vigilancia

(Seguridad y Protección; Vigilancia)

Departamento 3: Servicios Digitales

(Servicios Integrados de Tráfico Marítimo; Soluciones Digitales Marítimas; Servicios Digitales Horizontales)

Departamento 4: Servicios Institucionales

(Recursos Humanos; Jurídico, Financiero e Instalaciones)