Ametit juhib tegevdirektor, kelle kohustused ja volitused on määratletud määruse (EÜ) nr 1406/2002 artiklis 15. Tegevdirektorit toetavad neli osakonda ja tegevdirektori kantselei.

Praegu on ametil 11 üksust, millest 10 kuuluvad nende nelja osakonna alla:

1. osakond: kestlikkus ja tehniline abi
(kestlikkus; külastused, kontrollid ja inimtegur; suutlikkuse arendamine)

2. osakond: ohutus, turvalisus ja seire
(ohutuse ja turvalisus; seire)

3. osakond: digitaalteenused
(Integreeritud mereliiklusteenused; digitaalsed merelahendused; horisontaalsed digitaalteenused)

4. osakond: korporatiivteenused
(personal; õigus, rahandus ja haldus)