Ο Οργανισμός διοικείται από εκτελεστικό διευθυντή του οποίου τα καθήκοντα και οι εξουσίες ορίζονται στο άρθρο 15 του κανονισμού (ΕΚ) αριθ. 1406/2002. Ο εκτελεστικός διευθυντής επικουρείται από τέσσερα τμήματα και μια μονάδα του εκτελεστικού γραφείου.
Επί του παρόντος, ο Οργανισμός διαθέτει 11 μονάδες, εκ των οποίων οι 10 ανήκουν στα ακόλουθα 4 τμήματα:

Τμήμα 1: Βιωσιμότητα και Τεχνική Βοήθεια
(Βιωσιμότητα· επισκέψεις & επιθεωρήσεις, ανθρώπινο στοιχείο· ανάπτυξη ικανοτήτων)

Τμήμα 2: Ασφάλεια, Προστασία & Επιτήρηση
(Ασφάλεια και προστασία· επιτήρηση)

Τμήμα 3: Ψηφιακές υπηρεσίες
Ολοκληρωμένες Υπηρεσίες Θαλάσσιας Κυκλοφορίας, Ναυτιλιακές Ψηφιακές Λύσεις, Οριζόντιες Ψηφιακές Υπηρεσίες)

Τμήμα 4: Υπηρεσίες του Οργανισμού
(Ανθρώπινοι πόροι· νομικές και οικονομικές υπηρεσίες και εγκαταστάσεις)